El Fondo de Biodiversidad Sostenible posee una amplia gama de actores que varían desde el gobierno, cooperación internacional y organizaciones no gubernamentales (ONGs.) En esencia el FBS posee el siguiente organigrama:



El Comité Especial es el órgano encargado de la emisión de las políticas generales, la supervisión y la operatividad del FBS.
Este está conformado por cinco miembros nombrados de la siguiente forma:
- Tres representantes del Consejo de Cooperantes
- El Director Ejecutivo del Fondo Nacional de Financiamiento Forestal
- Un representante de la Fundación Banco Ambiental en su calidad de fideicomitente
Las funciones del Comité Especial son fundamentales para el adecuado funcionamiento del Fondo de Biodiversidad Sostenible.
Entre las funciones más relevantes se mencionan:
- Aprobar los reglamentos y modificaciones, procedimientos y demás condiciones bajo las cuales se administrara el patrimonio fideicometido, en sus diferentes proyectos.
- Establecer las directrices en torno al tema de las inversiones.
- Convocar y facilitar la operatividad del Consejo de Cooperantes.
- Tramitar y gestionar los desembolsos de los beneficiarios de contratos de Pago por Servicios Ambientales, cuando proceda y de acuerdo con el presupuesto aprobado.
- Girar las instrucciones al Fiduciario y los proyectos ejecutados.
- Establecer los proyectos a realizar y la forma de contabilizar los diferentes proyectos
- Conocer, aprobar y establecer las directrices sobre los nuevos contratos y acuerdos de aporte en coordinación con el Fiduciario.
El Consejo de Cooperantes está conformado por la totalidad de las personas físicas o jurídicas que realicen aportes al Fideicomiso y que este aporte supere el monto mínimo establecido anualmente por parte del Comité Especial. Este Consejo corresponde a un órgano operativo dentro del Fideicomiso FBS, sus funciones están establecidas en el Contrato de Fideicomiso 1052. Las funciones principales de este órgano son supervisar las políticas de funcionamiento e inversión y la correcta aplicación y utilización de los recursos del fideicomiso.
El Consejo de Cooperantes tiene como obligaciones, entre otras, establecer recomendaciones en torno a la operación y funcionamiento del fideicomiso, canalizadas a través del Comité Especial, velar por el cumplimiento del Contrato de Fideicomiso 1052 BNCR. Por una única vez y con la finalidad de integrar el Comité Especial, el Consejo de Cooperantes se conformó con los tres primero donantes:
La Fundación Banco Ambiental (FUNBAM) es una entidad de carácter privado, creada bajo la Ley de Fundaciones No. 5338, de carácter instrumental y de iniciativa pública sin fines de lucro, autorizada en su creación por la Ley No. 8640 del 05 de junio de 2008 y constituida por la Notaría del Estado.
Según el acta constitutiva, FUNBAM tiene como objeto cumplir con la administración de la donación según lo términos y condiciones del contrato de préstamo y donación aprobados en la Ley 8640, asimismo puede apoyar las actividades de conservación de los ecosistemas, tanto nacionales como internacionales, pudiendo para ello realizar todo tipo de procesos financieros, de gestión y disposición de recursos financieros. Brindar apoyo a los programas gubernamentales o privados de conservación entre ellos el pago por servicios ambientales que brinden los bosques, las plantaciones y otros que lleguen a establecerse en el futuro y estén regulados por el reglamento interno de la Fundación.
FUNBAM tiene como objetivo principal promover, apoyar, impulsar, financiar y facilitar iniciativas sostenibles que permitan la conservación de ecosistemas nacionales e internacionales. Beneficiando a pequeños y medianos empresarios, productivos e individuales o asociaciones con emprendimientos en pro del desarrollo sostenible, apoyando acciones de compensación mitigación y adaptación al cambio climático, entre otras para la conservación de la naturaleza.
Esta está compuesta de la siguiente manera:




La mayor la experiencia desarrollada por la Fundación Banco Ambiental (FUNBAM), ha sido la administración del Fideicomiso Fondo de Biodiversidad Sostenible (FBS) para implementar, bajo la asistencia del Fondo Nacional de Financiamiento Forestal (Fonafifo), las actividades derivadas del Contrato de Donación No. TF056666-CR con el Banco Internacional de Reconstrucción y Fomento y el cumplimiento de la administración de los recursos y aportes financieros de organismos, tanto a nivel nacional como internacional.
Debido a que FUNBAM es una entidad de carácter privado, esta brinda un sinnúmero de beneficios a la gestión de proyectos internacionales como: facilidad en diseño, ejecución e implementación de los proyectos de conservación, blindaje del patrimonio que FUNBAM gracias a su naturaleza constitutiva. Además, su naturaleza es desarrollar proyectos de alto impacto con la facilidad de no poseer restricciones en el desarrollo de convenios y alianzas, por lo tanto FUNBAM puede llegar a ser líder en el diseño, desarrollo y ejecución de proyectos innovadores que cambien el diseño de los programas de conservación actuales, siendo así de gran utilidad en temas de investigación y proyectos piloto para el MINAE y el MAG.
También el manejo de un proyecto por parte de una fundación con apoyo gubernamental brinda un mensaje de responsabilidad y compromiso social el cual es atractivo para donantes potenciales y creación de alianzas estratégicas, al igual que ser visualizado como un ente sólido de gestión y administración de recursos.
La Secretaría Ejecutiva del Fondo de Biodiversidad Sostenible está conformada por un Director un Coordinador de Programa y una Secretaria, que serán los responsables de establecer la comunicación entre el Consejo de Cooperantes, el Comité Especial y cualquier otro parte interesada.
Asimismo, esta se encarga de llevar a cabo todos los acuerdos tomados por el Comité Especial y cualquier otra función de gestión que la operación del FBS requiera. También vela por el manejo óptimo de los recursos fideicometidos al igual que por la ejecución eficaz del programa de conservación de la biodiversidad y su plan de trabajo pertinente.
La Secretaría a su vez aprovecha el conocimiento técnico, las capacidades institucionales y operativas, así como, el prestigio internacional que presenta Fonafifo en su experiencia en el mercado de los servicios ambientales y mecanismos innovadores de financiación ambiental.